机械工程学院是佳木斯大学最大的学院之一，现设有七系一部一中心：即机械工程系、机械电子工程系、智能制造工程系、农业机械化工程系、农业电气化工程系、车辆工程系、能源与动力工程系、机械工学基础部和机械工程实验中心。