中关村科学城总工会于2019年12月18日由海淀区总工会批复成立，接受同级党委中关村科学城党工委的领导。其前身为北京市新技术产业开发试验区工会工作委员会，成立于1995年1月，并于2000年1月更名为中关村科技园区海淀园工会工作委员会。